Nach Kriegsende im Mai 1945 stand die Wiederaufnahme der Arbeiten für das Museum und die Weiterführung der vorangegangenen Aktivitäten zur Erhaltung und Vergrößerung der Sammlung auf der Tagesordnung. Große Verluste waren durch die Auslagerung wertvoller Sammlungsstücke während des Krieges entstanden. In Sophienhof verbrannte unwiederbringliches heimatgeschichtliches Sammlungsgut,wie Innungsgegenstände der Malchower Tuchmacher, Schneider, Schlachter, Handschuhmacher, Zimmerleute und Schornsteinfeger aus Waren, Teile von Trachten, ein Fotoalbum des Warener Bürgermeister Schlaaff und vieles andere. Dennoch konnte bereits 1946 die erste Schausammlung der Öffentlichkeit gezeigt werden.
Vor einer neue Aufgabe standen die Museumsleute in den Nachkriegsjahren. Aus verlassenen und enteigneten Gütern des Kreises musste wertvolles Kulturgut vor der Vernichtung bewahrt werden.
1957 wurden die bis dahin im Kreis Waren bestehenden Museen, das Naturkundemuseum (Maltzaneum), das Warener Heimatmuseum und das Heimatmuseum der Stadt Penzlin zum Müritz-Museum vereinigt und thematisch neu ausgerichtet. Das Profil der heimatgeschichtlichen Sammlung wurde zugunsten einer sozialistischen Geschichtspropaganda völlig in den Hintergrund gedrängt.
Tragisch und verlustreich für die heimat- und regionalgeschichtliche Tradition und Sammlung des früheren Warener Heimatmuseums war in erster Linie 1973 die vollständig willkürliche und undokumentierte Überführung historischen Sammelgutes sowie Teilen der Bibliothek nach Alt Schwerin. Größere Bestände gingen nach 1974 auch als Dauerleihgabe oder zum Verbleib in das neue Historische Bezirksmuseum Neubrandenburg. Zwischen 1982 und 1991 erfolgte wegen notwendiger Rekonstruktionsarbeiten die Schließung des Museums. Die naturkundlichen und heimatgeschichtlichen Sammlungen wurden während dieser Zeit unsachgemäß und provisorisch ausgelagert.
Mit der Gründung des Stadtgeschichtlichen Museums im Jahr 1992 änderte sich die Situation der Lagerung des Sammlungsgutes nicht. Mehrfache Umzüge in verschiedene Räume an verschiedene Orte in der Stadt waren bis 2008 notwendig, bevor die Sammlung einigermaßen sachgemäß im heutigen Lager ihren Platz fand.
Aus dem Sammlungsbestand Gemälde